در آکادمی مغز، آموزش بر پایه روش‌های نوین، بازی‌های هدفمند، فعالیت‌های عملی و تمرین‌های علمی طراحی شده است تا دانش‌آموزان ضمن لذت بردن از فرآیند یادگیری، توانایی‌های ذهنی خود را نیز ارتقا دهند. برنامه‌های آموزشی متناسب با سن و نیاز هر گروه سنی تدوین شده و مسیر رشد هر دانش‌آموز به‌صورت مستمر مورد ارزیابی و پایش قرار می‌گیرد.